養豬廢水含有高濃度的有機物、懸浮物、氨氮等污染物，其水質和水量受到生產工藝季節及產品因素的影響較大，因此須選擇耐沖擊負荷強的工藝。其廢水屬于可生化性一般的廢水，常采用生物處理方法，該方法的運行費用較低，處理效果穩定，其主要原理是利用生物系統中的微生物（包括菌體原生動物和后生動物）的代謝及吸附作用，降解廢水中的有機以及無機污染物質。
在工藝選擇階段，綜合比較了厭氧法、水解酸化法、生物接觸氧化法和普通活性污泥法各自的優缺點，充分考慮了生物固體截留能力以及水力混合條件等綜合因素，采用了第三代厭氧反應器ABR 為主體的生化工藝，聯合缺氧/好氧工藝來處理養豬場廢水。

養豬廢水處理常用的藥劑有：生物菌種、聚合氯化鋁、聚丙烯酰胺這三種，可以根據每天的水處理量來制定合適型號的藥劑。